Cơ quan lãnh đạo cao nhất về mặt chính trị của tỉnh hiện nay là Ban chấp hành Đảng bộ tỉnh Thanh Hóa, hay Đảng ủy tỉnh Thanh Hóa, hoặc đơn giản hơn là Tỉnh ủy Thanh Hóa. Đứng đầu Tỉnh ủy là Bí thư Tỉnh ủy và thường là ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đảng.

Đảng bộ tỉnh Thanh Hóa được thành lập ngày 29/7/1930 do ủy viên Xứ ủy Bắc Kỳ Nguyễn Doãn Chấp chỉ đạo Hội nghị thành lập theo quyết định của Xứ ủy. Đảng bộ gồm 3 chi bộ Hàm Hạ, chi bộ Thiệu Hóa, chi bộ Thọ Xuân, Hội nghị đã bầu ra tỉnh ủy gồm 3 ủy viên do Lê Thế Long làm Bí thư.

Trong giai đoạn từ 1931-1945 Tỉnh ủy Thanh Hòa nhiều lần bị thực dân Pháp khủng bố, giải thể rồi lại thành lập.

Từ 1945-1954 Tỉnh ủy hoạt động trên địa bàn tỉnh trừ khu vực ven biển vẫn do Pháp kiểm soát. Trong giai đoạn này, Tỉnh ủy đã lãnh đạo công tác tổ chức quần chúng để trở thành hậu phương vững chắc cho chiến khu Việt Bắc, vận động hàng vạn người dân Thanh Hóa chiến đấu hoặc làm dân công cho chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, góp phần thành công chiến dịch Điện Biên Phủ.

Từ 1954-1975 Thanh Hóa là khu vực hứng chịu bom của Hoa Kỳ đầu tiên trên miền Bắc. Đặc biệt tuyến đường sắt vào Nam bị Hoa Kỳ oanh kích liên tục. Sau năm 1973 Hoa Kỳ chấm dứt không kích, Tỉnh ủy lãnh đạo nhân dân Thanh Hòa bắt tay vào công cuộc tái thiết.